- Katolická teologická fakulta
- Evangelická teologická fakulta
- Husitská teologická fakulta
- Právnická fakulta
- 1. lékařská fakulta
- 2. lékařská fakulta
- 3. lékařská fakulta
- Lékařská fakulta v Plzni
- Lékařská fakulta v Hradci Králové
- Farmaceutická fakulta v Hradci Králové
- Filozofická fakulta
- Přírodovědecká fakulta
- Matematicko-fyzikální fakulta
- Pedagogická fakulta
- Fakulta sociálních věd
CERGE - Fakulta tělesné výchovy a sportu
- Fakulta humanitních studií